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閱讀影響因子 144.8 腫瘤基因組綜述是何感覺?

作者:admin  上傳時間:2016/5/12 17:29:10  點擊次數:2195次

    對癌癥分子全景圖的了解,促進了診斷、預后的發展以及為臨床腫瘤學預測生物標志物。下一代DNA測序技術的發展已經增加了對癌癥細胞核酸測序的速度和降低了成本。這為開展比如像Atlas癌基因組這樣的癌癥的基因組和轉錄組全景圖基礎研究開啟了機會。

    CA: A Cancer Journal for Clinicians近期刊登的一篇文章綜述了基因組和轉錄組測序在臨床腫瘤治療當前和未來的影響。在這篇綜述中作者討論了將這個基礎科學的知識轉化到臨床實踐中的一些機會,包括癌癥的分子分類,分析癌癥的遺傳風險,勝任靶向治療和開發創新的、基因組為基礎的臨床試驗。文中列出了將癌癥基因組和轉錄組轉化為在臨床上對病人醫療的關鍵應用程序和新的方向。

    腫瘤基因組和轉錄組

    癌癥基因組包括基于DNA的改變,比如點突變或者基因重復。癌癥轉錄組包括RNA為基礎的改變,包括mRNA的變化。在這篇綜述中詳細舉例了全基因組測序和全外顯子組測序以及轉錄組應用在臨床上的例子。基因組和轉錄組在一起可以為個體患者的癌癥提供全面的見解,已經開始影響實時臨床決策。在臨床的實踐包括基因、轉錄本和蛋白數據應用在診斷、疾病監測、風險分析和建議以及新治療方法的開發。

    在臨床診斷、預后和預測中的分子標記物

    研究發現了通過癌癥基因組和轉錄組研究已經用于臨床的生物標志物的潛力。診斷的生物標志物有助癌癥類型或亞型的識別。預后的生物標志物有助于臨床醫生確定治療后復發或疾病進展的風險,其中高風險的患者選擇積極的輔助治療,以防止復發。臨床醫生使用預測的生物標志物來和治療相比選擇其中一個,這是根據生物標志物的結果和響應于某些治療的可能性之間的關聯。在實踐中,預測的生物標志物往往鑒定和靶向抗癌藥物相關的分子靶標。

很多商業和學術實驗室以及開發中有針對性的集中在25到400個被稱為重要的癌癥生物學或疾病管理的基因測試模塊。

 

通常二代測序分析的癌癥DNA靶標

    癌癥基因組藥物

    基于基因組學的癌癥分類已經改變了臨床試驗是如何設計的。傳統上,藥物是為一個特定的癌癥類型研究開發的,如肺癌或乳腺癌。現在這些癌癥可以被分為不同的分析亞型,這就有了將相關病人基于分子特征分別對待的理論基礎。進行這樣的臨床試驗的特殊挑戰是,和分子狀況匹配的合格患者的數目顯著減少,傳統的統計方法的設計可能不可行。例如在一個常見的患病率為1%的癌癥類型中的突變的臨床試驗將很難做到準確和完整。相反,這在實際上也代表了一種優勢,作為分子特征富集的試驗可能更容易有患者對治療有反應,并能顯示更大幅度的響應。一個新的治療的策略是基于突變為基礎或是通路為基礎的試驗,和真正的腫瘤部位無關。

    挑戰和機遇

    DNA和RNA測序的綜合分析為癌癥的精準醫學打開大門。這種方法的實現有幾個挑戰同時也是機遇。除了全基因組和轉錄組測序的癌癥分子特征植物,還有額外要考慮的癌癥生物學的復雜性。首先,表觀遺傳學的研究正在揭示甲基化是如何改變基因表達的,有助于我們對個體癌癥患者的看法。其次新的蛋白組學和代謝組學可以揭示癌癥生物學新的層面。當新的組學變得更實用時,研究人員證考慮在臨床試驗綜合數據分析和透明度的新標準。第三,癌癥生物學的其它方面,包括腫瘤的異質性、耐藥性、腫瘤微環境和干細胞性質會影響患者對治療的反應。

    總的來說,這些挑戰可以在科學創造中得到新機會。除了基因組學指導治療,還有和其它形式的聯合療法,包括免疫治療、溶瘤病毒和干細胞或代謝靶向抑制劑。比如在免疫療法中,基因組測序方法可以用于鑒定新腫瘤抗原或者在DNA修復中的分子缺陷,比如錯配的修復基因,可以預測通過抑制免疫調節點來提高對癌癥的免疫作用新療法的反應。這些挑戰可以通過對腫瘤組織、臨床數據通過協作網絡來系統收集來完成。

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